موزه تاریخ طبیعی نام موزه ای است که در تاریخ 15 اسفند 1367 در یکی از بناهای تاریخی عصر تیموریان به نام تالار تیموری برپا شد در این موزه نمونه هایی از آثار طبیعی به نمایش درآمده است و تمامی آثار به همت و سرمایه شخصی دکتر جعفریان جمع آوری شده اند او این آثار را در مدت 37 سال از نقاط مختلف ایران و خارج از کشور گردآوری خریداری مبادله یا تهیه کرد و در نهایت به صورت طبقه بندی شده در بخش های زیر در معرض دید عموم قرار داد سالن جانوران بدون مهره شامل انواع تک سلولی ها اسفنج ها مرجان ها خارپوستان نرم تنان و بندپایان سالن گیاه شناسی شامل انواع گیاهان گلدار بی گل دارویی و صنعتی ایران هر بار یوم و مقایسه آنها با نمونه های خارج از کشور و اثر برگ و ساقه درختان فسیل شده مربوط به دوران گذشته اروپا و ایران سالن زمین شناسی شامل کلیه مواد تشکیل دهنده پوسته جامد زمین کانی ها کریستال ها سنگ های معدنی رسوبی آذرین و دگرگونی و ساخت های رسوبی دریایی و قاره ای سنگواره ها یا فسیل های دریایی دوران های گذشته از 580 میلیون سال قبل تاکنون سالن جغرافیای طبیعی و نقشه ها شامل نقشه های توپوگرافی و جغرافیایی نقشه های برجسته شهری و طبیعی و زمین شناسی نقشه های زمین شناسی و زمین ساختی ایران سالن جانوران مهره دار شامل انواع ماهیان دوزیستان خزندگان پرندگان و پستانداران سالن کمک آموزشی و دیدنی های جهان خلقت شامل وسایل کمک آموزشی در علوم زیست شناسی زمین شناسی و جغرافیای طبیعی