سردر اصلی در اصل بنای تک طبقه احداث گردیده و دومین سردر مجموعه میباشد؛ در مرمت های زمان قاجار طبقه دوم نیز افزون شد و در دهه 70 خورشیدی برچیده گردید و تجدید بنا شدبالای درب شیخ زنجیری به شکل صلیب قرار داشته که قسمتی از آن به قوت خود باقی است و هرکس دست بر آن زند پناهنده ی در حضرت صفی‌الدین محسوب شده و حتی مجرمان نیز پس از پناهندگی از دام مجازات تا وقتیکه از بقعه بیرون نیایند در امان می آمدند و شخص شاه نیز اجازه پیگیری وی را نداشت؛ این آیین تا زمان محمدرضا شاه پهلوی به قوت خود باقی بود.درِ اصل بقعه در دهه70 برای مرمت بن سازمان میراث فرهنگی صنایع دستی و گردشگری منتقل شد و حدود 16 سال محل عبور و مرور زائرین موقتا از جانب مسجد سلیمانشاه دائر بود ( درمقابل مسجد توضیحات درباره محل تاریخی آن آمده است) زائرین زمان صفویه کنده کاری روی این درب کرده اند که بصورت یادگاری و تاریخی کلمه « السلطان شیخ شاه صفی الدین اسحاق ... اردبیلی» بروی لنگه سمت چپ قابل مشاهده است. تاورنیه تاجر و سیاح فرانسوی نیز، که در زمان شاه عباس ثانی به ایران آمده، در سفرنامه خود نوشته است «از همه جای ایران مردم برای زیارت قبر شاه صفی به اردبیل می آیند و این مسئله، به اتفاق تجارت ابریشم اردبیل را یکی از معتبرترین شهرهای مملکت کرده است» درب مدخل مسجد با یک زنجیر آهن صلیب‌وار، که به حلقه‌های محکم وصل شده، حراست میشود. هر مقصر و جنایتکاری که دست بدان زنجیر برساند و داخل محوطه شود در امان است و کسی نمیتواند او را دستگیر نماید. حیاط مسجد بزرگ و طولانی است و از طرف خارج، پشت دیواری که بمیدان نگاه میکند، تمام طول دیوار دکاکین برای کسبه و اهل صنعت ساخته شده است. از این حیاط بزرگ اول داخل حیاط دوم میشوند که وسعتش کمتر است و با تخته‌سنگهای صاف مفروش شده یک جوی آب هم از وسط آن میگذرد.