کارشناسان بر این باورند که برای ساخت این مجموعه و تغییرات قابل توجه آن می توان 4 دوره را در نظر گرفت که عبارتند از:* مرحله اول از سال 1300 تا 1349 میلادیتنظیم طرح اولیه بقعه در این زمان انجام شد و بناهای خانقاه شیخ صفی‌الدین اردبیلی، حرم‌خانه، گنبد الله الله، ساحت، عمارت دارالحفاظ، شاه نشین، حیاط میانی و چله خانه جدید بنا گردیدند.* مرحله دوم از سال 1349 تا 1544 میلادیدر این دوره بناهایی همچون مقبره‌ی شاه اسماعیل و همچنین مقبره مادرش، دار الحدیث، جنت سرا، شهیدگاه و حیاط آرامگاه در قسمت جنوبی بقعه شیخ صفی‌الدین ایجاد شدند که بیشتر آنها مربوط به قرن شانزدهم میلادی هستند.* مرحله سوم از سال 1544 تا 1752 میلادیشکل کنونی چینی خانه، دروازه شاه عباسی و حیاط باغ در این دوره ساخته شدند.* مرحله چهارم از سال 1752 تا قرن بیستم میلادیمدرسه، سرویس‌های بهداشتی، موتور خانه و گلخانه در این دوره احداث شدند و بیشتر آنها مربوط به قرن بیستم هستند.