پس از رحلت سلیمان شاه، پسر ارشد وی از بین شش برادر دیگر به قدرت رسید. اولین اقدام شاه سلطان حسین مبارزه با شرابخواری بود. اما در تمام مدت شاه سلطان حسین به کارهای جاری میپرداخت و اکثر اوقات در اصفهان به جشن و سرور و مراسم عمومی میپرداخت. سفرهای پر خرج و خوش گذرانی های او باعث خالی شدن خزانه دولتی و علت ضعف دولت در آن زمان بود. در دوره سلطان حسین ثروت بر جای مانده از دوره صفوی در اوج خود بود و بناهای متعددی ساخته شد از قبیل مدرسه، کاخ و عمران مساجد و مزارات. در مرحله بعد ثروتی که در اختیار زنان حرم، خواجگان و دیگر امرا و اعیان بود در ساختن این بنا ها صرف می شد.بااینکه شخصی مهربان و دلسوز و صلح جو و زاهد بود اما ویژگی بدی هم داشت که زود تحت تاثیر حرف دیگران قرار میگرفت که باعث شد همان اوایل دست شیخ علی را از نیابت حکومت کوتاه کرد و چون خودش هیچ سررشته ای از سلطنت نداشت تا به رفع و فتح امورات بپردازد موجبات عصیان و شورش حکام محلی از جمله محمود افغان شد.تلاش های مستمر شاه و درباریانش مقابل شورش و لشکرکشی محمود افغان هفت ماه در چند کیلومتری اصفهان به طول کشید. اصفهان در قحطی بسیار بزرگی قرار گرفت و حدود صد هزار نفر از گرسنگی جان باختند. بعلت تمام شدن آذوقه در اصفهان نهایتا طی ملاقات با محمود افغان در کاخ فرح آباد تاج سلطنت تسلیم وی کرده فورا نیابت سلطنت را به طهماسپ دوم داد تا شورش حکام را فرونشاند.سلطان حسین بعد از 26 سال حکومت از سلطنت کناره گرفت و چهار سال بعد به دستور اشرف افغان پسر محمود افغان کشته شد.