خواجه علی سیاهپوش پسر شیخ صدرالدین موسی و نوه شیخ صفی‌الدین اردبیلی بود.او پس از پدر به سرپرستی خانقاه صفوی در اردبیل رسید. او در روزگار تیمور لنگ می‌زیست و از برخورد میان این دو و پیشبینی‌های خواجه علی درباره آینده و جهانگیری تیمور داستان‌هایی آمده‌است. برپایه یکی از این داستان‌ها او رهاننده چند قبیله تاتار شام از دست تیمور بود که در آینده قزلباش خوانده شدند که تاثیرگذارترین قبیله در تمام دوران صفویه بودند. شیخ ناصرالدین خواجه علی که در طول عمرش عزادار حضرت سیدالشهدا امام حسین بود هیچگاه جامه سیاه از تن درنیاورد و به سیاهپوش معروف شد.روایت است که وقتی تیمور لنگ با اسرای عثمانی خود وارد اردبیل شد و قصد زیارت خواجه علی کرد به وی خبر دادند شیخ در سجاده مشغول نماز است باید منتظر بمانی. شیخ خواجه علی پس از نماز پیغام فرستاد اگر کسی قصد دیدار با من داره تمام اسرای همراهش باید آزاد بشن تیمورلنگ سراسیمه دستور آزادی اسرا رو صادر کرده به زیارت جناب شیخ ناصرالدین شتافت و حیران از مکاشفه جناب شیخ علی توسط ایشان توبه کرده و جز مریدانش شد.اهالی شوش هم از مشاهدات معجزاتش در قحطی و سیل از ایشان بنای یادبودی به نام و یاد ایشان بنا کرده اند که امروزه به مزار خواجه علی سیاهپوش شهرت یافته است. او در سفر زیارتی خودش به مکه در گذشت و در قبة الصخره مقام حضرت سلیمان نبی به خاک سپرده شد.اکنون به آن مکان بعلت وجود مزار خواجه علی، مرقد شیخ عجم و مرقد شیخ صفوی گفته می شود.پس از وی پسرش شیخ ابراهیم به جانشینی‌اش رسیده است.