چله‌خانه که فعلا بکلی مخروبه است در قدیم دارای اطاقهائی بمنظور اقامت صوفیانی بوده است که برای تزکیه نفس چهل روز در آنها روزه میگرفتند. این اطاقها امروزه از میان رفته ولی نه عدد از پایه‌های سنگی آنها بهمان شکل که در اول بنا کار گذاشته شده، باقی مانده‌اند و گویا در اول نقش و نگارهائی نیز داشته است و هم اکنون در بدنه یکی از آنها از این خطوط دیده میشود.در قسمتی از دیوارهای حجرات مخروبه و نیز در دیوار راهروئی، که از این بقعه بکوچه ملا هادی میرفته است، آثار کاشیهای قدیمی دیده میشود ولی بعدها دیواری در جلوی آنها احداث گشته است و این کاشیها از بالای آن دیوار، در پشت بام دیده میشود.گام سوم در مراحل عرفان، تقرب به مقام شیخ قربانگاه میباشد. درهای چله خانه قدیم و چله خانه جدید به این فضا باز میشدند و این امر حکایت از اهمیت درنگ و حضور در این فضا دارد. این محل را چله خانه مینامیدند زیرا شیخ صفی سالی چهل روز در آنجا روزه میگرفت و فقط روزی با یک بادام و کمی آب افطار میکرد. قربانگاه فضایی کوچک است که در آن توجه انسان به سوی آسمان جلب میشود و گویی حقیقت معرفت در اینجا سعی در تجلی داشته است. عبور از این مرحله بلکه با درنگ و تامل همراه است.این بنا که احتمالاً قدیمی ترین عنصر مجموعه است، بیشتر از دیگر بخشها آسیب دیده و در حال حاضر حیاطی متروک و مربع شکل است.که در جبهه غربی آن، حجره هایی با نمای آجری و طاق قوسی وجود دارد. این چله خانه پس از ازدیاد دراویش صفویه و به منظور افزایش ظرفیت اسکان جهت چله صوفیان بنا شده است.اینجا توسط شیخ صدرالدین موسی بنا شده و زمان شیخ صفی الدین وجود نداشته و به مراسم آیینی و چله نشینی و شب نشینی دراویش اختصاص داشته است.چله خانه دیگری در قرینگی این چله سرا بنا گردیده است که متعلق به زمان حیات شیخ صفی‌الدین میباشد که امروزه اثری از آن دیده نمیشود و ستون های آن چله خانه که به چله خانه قدیم معروف است در زیر جنتسرا مدفون و پلان زیرزمین قابل مشاهده و رویت است.