حجره کلمه‌ای عربی به معنی اتاق است. از قدیم برای خوابگاه طلاب علوم دینی در حوزه‌های علمیه گفته می‌شده است. در مساجد قدیمی یا بازارهای قدیمی تعدادی حجره برای تحصیل در نظر گرفته می‌شده است.تعداد حجره هادر این بنا از چهل عدد بیشتر بوده است، که مصارف مختلفی داشته است. حجره‌هایی متعلق به آشپزخانه و دیگ خانه و و ایاغ خانه، حجره هایی برای آرامگاه مانند حجره های رو به مزار شیخ صفی الدین که آرامگاه مشایخ صوفیه بوده‌است، حجره‌های فوقانی و تحتانی متعلق به خونچه خانه و انبار، حجره هایی دو طبقه در ضلع شمال غربی صحن اصلی مربوط به انجام اعتکاف ها و مراسم که اکنون تنها در قسمت غربی آن، حجره هایی با نمای آجری و طاق قوسی مشاهده می شود. در غرب حیاط قسمت شمالی دیوار به حجره ها یا اتاق های کوچک دو طبقه با سقف کوتاه منتهی می شود که احتمال می رود محل چله خانه قدیم بوده باشد.