درضلع شرقي و جنوبي بقعه محوطه نسبتاً وسيعي وجود دارد بنام شهيدگاه، اطلاق نام شهيدگاه به اين قسمت از بقعه از زمان شاه اسماعيل اول متداول شده است. زيرا او كه درسال 915 هجري قمري از جنگ شيروان مراجعت مي كرد، جسد پدر و عده اي از بزرگان صفويه را كه در ركاب سلطان حيدر و خود او و سپس در جنگ چالدران به شهادت رسيده بودند به اردبيل آورد. پدرش را در كنار گور شيخ صفي و ديگر شهدا را در محوطه گورستان مذكور به خاك سپردند و از آن زمان، آنجا به نام شهيدگاه نام گرفته است. شهيدگاه در زمان سلاطين صفوي حائز اهميت زيادي بوده است، زيرا محل خاكسپاري سرداران و بزرگان سپاه دوره صفويه محسوب مي شده است و سنگ گورهاي آن بطور عموم از مرمر و يا سنگ سياه خارا كه به شكل مكعب مستطيل ساخته اند بوده است كه پنج جانب بيروني آنها با حجاري هاي بسيار زيبا از گل و بوته، آيات و سوره هاي قرآن مجيد و اشعار فارسي منقوش شده كه از جهت تاريخي و هنري قابل توجه اند، تعدادی از سنگ مزار از قبرستان خانوادگی صفویه و تعدادی از روستاهای اطراف به این محل منتقل شده و متأسفانه اين سنگها عموماً خرد شده و درگوشه اي تلمبار گرديده بودند و بعدها جهت ساخت سرباز خانه اردبیل در دوره پهلوی قسمت اعظمی از سنگ قبرهای فوق را مصرف کرده اند. شهیدگاه در زمان صفویه فضای وسیع‌تری داشته، ولی در حال حاضر قسمتی از آن زیر خانه‌ها و مدرسه جدیدالاحداث شمال جنت‌سرا رفته است. در کاوش‌های باستان‌شناسی چند سال قبل، در جبهه غربی و جنوبی بیرون از مجموعه، قبور متعددی پیدا شد که به نظر می‌رسید در ادامه گورستان شهیدگاه باشند. شهیدگاه در اصل گورستان عمومی مجاور آستانه بوده، اما در 915 قمری پس از غلبه شاه اسماعیل اول بر فرخ یسار شیروان شاه، اجساد سرداران شیخ حیدر که در جنگ‌های شیروان کشته شده بودند به این مکان منتقل و مدفون شد. شهیدگاه با نام آرامگاه کشته‌‌ شدگان جنگ چالدران نیز شناخته می‌شود.