آن چه که امروز به عنوان آرامگاه سعدی شناخته می شود در واقع خانقاه سعدی بوده که وی اواخر عمرش را در آنجا گذرانده و پس از مرگ نیز در همین مکان دفن شده است خانقاه یا خانگاه به محل زندگی آموزش و گردهمایی و فعالیت درویشان و صوفیان اتلاق می‌شود و در سرتاسر جهان اسلام به خصوص مناطق تحت تاثیر اسلام ایرانی نمونه هایی از آن به چشم می خورد برای اولین بار در قرن هفتم بود که محل دفن سعدی زینت داده شد و شمس‌الدین محمد صاحب‌دیوانی وزیر معروف اباقاخان دومین پادشاه از سلسله ایلخانان مقبره‌ای بر فراز قبر این شاعر نامدار ساخت قدیمی ترین گزارش موجود از آرامگاه سعدی حدود 35 سال و به نقلی دیگر 57 سال پس از درگذشت وی و توسط ابن بطوطه جهانگرد مراکشی نگاشته شده است در این گزارش گفته می شود که مردم بازدیدکننده از مزار سعدی لباس خود را در حوضچه‌هایی مرمرین می‌شستند و به باور مردم شیراز که از قبل از سعدی و حتا قبل از اسلام نیز وجود داشته شستشو در این آب شفابخش بوده‌ است اساس منابع تاریخی به ویژه کتاب گلستان هنر نوشته میرمنشی در سال 998 هجری قمری یعقوب ذوالقدر حکمران فارس دستور ویرانی خانقاه شیخ را صادر می کند و همه چیز با خاک یکسان می شود کریمخان زند در سال 1187 هجری قمری دستور می دهد بنایی از گچ و آجر بر بالای مزار سعدی بنا شود بنایی که به عمارت ملوکانه مشهور شد طبقه پایین این بنا دارای راهرویی بود که در شرق و غرب آن دو اتاق کرسی دار قرار داشت و پلکان طبقه دوم از آنجا آغاز می شد بنای کنونی سعدیه کاری از محسن فروغی معمار مدرنیست ایرانی است که طراحی آرامگاه را با همکاری علی اکبر صادق در سال 1330 انجام داده و الهام از عناصر معماری سنتی ایران به وضوح در آن دیده می شود ساختمان آرامگاه به سبک ایرانی ساخته شده و زیربنای آن در حدود 257 متر مربع است این بنا از بیرون به شکل یک مکعب به نظر می رسد اما در داخل به صورت هشت ضلعی است و دیوارهایی از جنس مرمر و گنبدی لاجوردی دارد نمای خارجی آرامگاه از سنگ تراور و نمای داخلی آن از سنگ مرمر است سنگ‌های مورد استفاده در پایه های بنا سیاه رنگ هستند و ستون‌ها و جلوی ایوان از سنگ گرانتیت قرمز مخصوصی ساخته شده اند اصل بنا با سنگ سفید و کاشی کاری زینت داده شده و وجود 8 ستون از سنگ‌های قهوه‌ای رنگ در جلوی مقبره قرار دارند صلابت خاصی به آن بخشیده است گنبدی از کاشی‌های فیروزه‌ای رنگ بر فراز بنا خودنمایی می کند و جلوه ای خاص را به نمایش می گذارد ساختمان اصلی آرامگاه از دو ایوان عمود برهم تشکیل شده و قبر شیخ در زاویه میان این دو ایوان و در وسط عمارت هشت ضلعی قرار دارد هفت کتیبه در هفت ضلع ساختمان نصب شده و قسمت‌هایی از گلستان بوستان قصاید بدایع و طیبات شیخ به خط ابراهیم بوذری بر روی آنها نقش بسته اند متن یک کتیبه نیز از علی اصغر حکمت است و بر روی آن توضیحاتی در مورد چگونگی ساخت بقعه به چشم می خورد